Credere o non credere: è questo il problema, soprattutto in un'epoca dalle grandi trasformazioni storiche, politiche, filosofiche e religiose. E' il
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Alessandria d'Egitto, punto di riferimento per la cultura con la sua
Biblioteca e per l'estetica con il suo Faro, è il teatro ideale per rappresentare questo cambiamento. Una città divisa e arroccata nelle sue posizioni. La Biblioteca, con il sapere antico, che insegna a giovani studenti le varie discipline; i cristiani, resi più forti dai decreti teodosiani, invadono le strade alla ricerca di poveracci da convertire. In questo scenario si inserisce la vita della filosofa
Ipazia (Rachel Weisz), matematica dedita esclusivamente alla ricerca di scoprire il moto della Terra, dei pianeti e delle stelle. Assieme a lei
Oreste (Oscar Isaac), pubblicamente innamorato di lei, e
Davo (Max Minghella), schiavo di Ipazia e morbosamente innamorato anch'egli di lei. Gli eventi scorrono più velocemente di loro.
Cirillo (Sami Samir), ambizioso cristiano, fa di tutto per provocare i pagani attendendo così quella che può essere la tipica risposta di un popolo alle strette senza prospettive per il futuro, vale a dire un attacco violento. Ma le forze cristiane sono numerose, tanto da far arroccare i pagani all'interno della biblioteca, aperta solo per decreto imperiale e lasciata alla mercé dei cristiani, che non faranno altro che distruggerla. Ipazia fugge assieme a tutti quelli che fanno in tempo, e assiste impotente alla morte del padre e di tutto quello che era la sua vita precedente. Davo, frustrato per non essere contraccambiato da Ipazia, si converte al cristianesimo, utilizzando la religione per ritornare libero. Oreste si converte anche lui, facendo carriera nell'Impero e diventando prefetto di Alessandria.
